Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l'immigration intergalactique sur notre planète, les Men in black ou MIB opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d'aliens sur notre sol doit rester secrète. Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d'homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont affronter une nouvelle menace : Edgar le cafard...

Par une belle journée d'automne, des centaines de parachutistes sous les ordres du colonel Ernesto Bella prennent d'assaut la ville de Calumet, au Colorado. Les Cubains alliés aux Soviétiques viennent de déclencher les hostilités contre les États-Unis.

Le détective Louis Burke reçoit la mission d'infiltrer le pénitencier de Harrison où sévit un mystérieux "escadron de la mort", qui liquide des détenus pour le compte d'un réseau de trafiquants d'organes.