Chargés de protéger la Terre de toute infraction extraterrestre et de réguler l'immigration intergalactique sur notre planète, les Men in black ou MIB opèrent dans le plus grand secret. Vêtus de costumes sombres et équipés des toutes dernières technologies, ils passent inaperçus aux yeux des humains dont ils effacent régulièrement la mémoire récente : la présence d'aliens sur notre sol doit rester secrète. Récemment séparé de son vieux partenaire, retourné à la vie civile sans aucun souvenir de sa vie d'homme en noir, K, le plus expérimenté des agents du MIB décide de former J, un jeune policier. Ensemble, ils vont affronter une nouvelle menace : Edgar le cafard...

Après sa libération de prison, le capo de la mafia Dwight "le Général" Manfredi est exilé à Tulsa, Oklahoma, où il construit un nouvel empire criminel avec un groupe de personnages improbables.

Grant est l'un des citoyens les plus fortunés de la paisible bourgade de Wheelsy, mais l'argent ne parvient pas à compenser l'indifférence totale de sa jeune et belle épouse, Starla, qu'il aime d'un amour sans retour.

Au cours d'une virée dans les bois, Grant et sa consolatrice d'un soir, Brenda, découvrent une masse gélatineuse, à proximité d'un cratère d'origine extraterrestre. Soudain, un puissant tentacule jaillit, inoculant à Grant un germe mortel. Starla constate bientôt chez son mari les symptômes d'une insidieuse et troublante métamorphose, dont la petite ville fera très vite les frais.