Plusieurs années après la fin de la guerre, le quotidien des gens est peu à peu impacté par le développement des nouvelles technologies. Violet quand à elle, espère encore que Gilbert soit toujours en vie et n’a de cesse de penser à lui. Ce sentiment de manque ne la quitte jamais, de jour comme de nuit. Un jour, la jeune femme reçoit un appel pour du travail et part à la rencontre de nouveau client : un garçon nommé Julis. Pendant ce temps, une lettre inconnue vient d’être retrouvée à l’entrepôt postal…

La vie reprend son cours à Fairy Tail, Gildarts est désigné cinquième maître de la guilde mais part rapidement en voyage en laissant une lettre. En tant que maître de la guilde, il prend deux décisions importantes : réintégrer Luxus et nommer son successeur, Makarof. À ce dernier, il laisse une mission, que Fairy Tail regagne leur splendeur d’autant. Grâce au Grand Tournoi de Magie qui a lieu chaque année, les membres feront tout pour redorer leur blason !

La série suit les aventures des membres d'équipages les moins notables (Beckett Mariner et Bradward Boimler) de l'USS Cerritos NCC-75567, le vaisseau le plus insignifiant de Starfleet, qui doivent accomplir leur devoir malgré les bouleversements causés par une multitude d'anomalies.