Naruto est de retour ! Après trois ans d’entraînement avec Jiraya il retrouve ses camarades, ainsi que ses professeurs à Konoha. Tous ont évolué, y compris les ninjas du village de Suna. Hélas les retrouvailles sont de courte durée. Gaara devenu depuis peu Kazekage de son village est menacé. Tout porte à croire que l’Akatsuki soit à l’origine de l’attaque, mais dans quel but ? Konoha envoie ses 2 meilleures équipes pour leur prêter main forte : celle de Gai et Kakashi.

Après le combat de Mitsuki et Boruto, ce dernier est d’autant plus déterminé à ramener son meilleur ami à Konoha. Persuadé qu’un grave danger se tram, Boruto et ses amis se dirigent vers Iwa pour tenter de retrouver leur camarade. Les mystères sur les Shinobi d’Iwa commencent peu à peu à se dissiper avec la rencontre de leur maître, un dénommé Kû, avec qui le vieil Ônoki semble être lié… Une grande bataille se prépare et Mitsuki semble avoir un rôle capital à jouer.. L’ancien Tsuchikage semble rongé par les fantômes du passé et Mitsuki avoir trouvé de nouveaux amis, quel camp choisiront-t-ils lors de cet ultime affront ?