Après un conflit qui a déchiré toute la région, Konoha connait enfin la prospérité et le progrès. C’est dans ce contexte paisible que Naruto est nommé 7e Hokage à la tête du village des Feuilles. Il prépare la tenue du prochain examen de sélection des Ninjas de Moyennes Classes afin de détecter de nouveaux talents. Seule ombre au tableau : son fils Boruto, qui lui en veut terriblement car il se sent délaissé. Mais voilà que Sasuke rentre brusquement au village avec des informations inquiétantes… Boruto, en admiration devant le seul rival sérieux de son père, prend son courage à deux mains et supplie le dernier des Uchiwa de l’accepter comme disciple. Pendant les épreuves de l’examen, deux sombres individus s’attaquent à Naruto ! Boruto est tétanisé et ne doit la vie qu’à l’interventin de Sasuke. Il découvre stupéfait que Naruto a disparu avec ses mystérieux agresseurs au cours de l’attaque éclair…

Tout juste revenus de leurs sept ans d’absence, les mages de Fairy Tail se retrouvent vite confrontés à de nouvelles épreuves. Lucy reçoit la visite d’une jeune fille mystérieuse qui prétend être sa soeur. Elle se voit remettre l’héritage de son père et c’est ainsi que débute une nouvelle quête pour elle, Natsu et leurs amis. Ils devront se rendre dans le manoir familial afin d’y trouver une certaine horloge. Mais l’aventure s’avère être très périlleuse…